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Atelier Mathématiques et biologie 2005–2006

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Tester l’hétérogénéité des vitesses d’évolution dans les arbres
Marie-Anne Poursat (univ. Paris XI)

16 janvier 2006

Les modèles standards de reconstruction phylogénétique sont des modèles markoviens homogènes et stationnaires. D’un point de vue biologique, il est clair que ces hypothèses ne sont pas vérifiées dans de grandes phylogénies. Une forme d’hétérogénéité de l’évolution des séquences moléculaires a été décrite par le modèle covarion de Fitch (1970), puis formalisée par Tuffley et Steel (1998). Bien qu’ayant motive de nombreux articles, l’étude statistique du modèle covarion soulève encore des questions de base. Dans cet exposé, après une présentation rapide des méthodes de vraisemblance en phylogénie, nous ferons le point sur les propriétés statistiques de ce modèle et proposerons un test de l’hypothèse covarion.

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Marie-Anne Poursat Marie-Anne Poursat (univ. Paris XI)
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